オープンサウンドデータのファイルを読み込ませると、スピードカーブを勝手に３点スピードテーブル（簡易型の速度曲線）を選択してしまうようです。もしこの症状になった場合には、設定の変更（Use Speed curve CV67-CV94）を選択し直してください。
オープンサウンドをLok programmer 5.1.0にアップデートして開いた時には、スピード曲線の方に選択されている事を必ず確認して下さい。
— MB3110A (@zhengdao_X) November 23, 2020
5.1.0にアップデートすると勝手に3点スピードテーブルが選択されていました。このままですと加減速がデタラメこき太郎になり、当然ながら音もズレます。#DCC音效 pic.twitter.com/n8mPtzuweH
書き込むだけの方は、LokProgrammer 5.1.0にする必要性は特にないので、アップデートせずにそのまま使われることをお勧めします。