DSmainR5.1C2以降には、Externalと書かれたFTDIピン配列互換のUART端子と、PC接続用のUSBの２つがArduino nanoボードの外部接続用として使用できます。この２つは、D0,D1のUARTを兼用しており、片方を使用する場合にはもう片方は使えません。
DSmainを制御したい場合は、Arduino nanoのソフトを改造しても良いですが、このUART端子を使って、外部のArduino UNO等から、コマンドを打って制御することもできます。この際、外部のArduino UNOの電源供給は、DSmain側から行うようにしてください。UART端子の5VをそのままUNOの5Vに付ければ供給されます。
コマンド体系は、wikiにまとめてありますのでご確認ください。