LokProgrammerでキハ261サウンドデータを開きます。Soundタブで、スロット1をダブルクリックして開きます。

矢印のブロック(停止から加速するサウンドのシーケンス部分)をダブルクリックして開きます。

真ん中のブロックをクリックして選択した後、左側の設定画面のスクロールバーを下の方に移動すると、drivelockというチェックボックスにチェックが入っているはずです。このチェックを外します。

これで保存すれば作業は完了です。
停止から加速するガラガラ音を鳴らしているときに、停止状態でロックするように設定されていました。このブロックは約4秒のサウンドを鳴らすので、4秒間、ガラガラいっているのに走り出さないという症状になってました。
キハ261は加速が良いとのことなので、このチェックボックスを外せば、軽やかに発進していきます。
もともとこのサウンドデータは、DMH17Hをベースに作ったので、ガラガラいっても走り出さない昔のディーゼルエンジン音のようになってしまってました。